sainsc.lazykde.LazyKDE
======================

.. toctree::
   :hidden:

   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.assign_celltype
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.calculate_total_mRNA
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.calculate_total_mRNA_KDE
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.filter_background
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.find_local_maxima
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.from_dataframe
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.gaussian_kernel
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.kde
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.load_local_maxima
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.plot_KDE
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.plot_KDE_histogram
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.plot_assignment_score
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.plot_celltype_map
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.plot_cosine_similarity
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.plot_genecount
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.plot_genecount_histogram
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.plot_local_maxima
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.assignment_score
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.background
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.celltype_map
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.celltypes
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.cosine_similarity
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.counts
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.genes
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.kernel
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.local_maxima
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.n_threads
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.resolution
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.shape
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.total_mRNA
   /autoapi/sainsc/lazykde/LazyKDE.total_mRNA_KDE

.. py:class:: sainsc.lazykde.LazyKDE(counts, *, n_threads = None)

   Class to analyze kernel density estimates (KDE) for large number of genes.

   The KDE of the genes will be calculated when needed to avoid storing large volumes
   of data in memory.

   :param counts: Gene counts.
   :type counts: sainsc.GridCounts
   :param n_threads: Number of threads used for reading and processing file. If `None` this will
                     default to the number of available CPUs.
   :type n_threads: int, optional

Attributes
----------

.. autoapisummary::

   sainsc.lazykde.LazyKDE.counts


Properties
----------

.. autoapisummary::

   sainsc.lazykde.LazyKDE.assignment_score
   sainsc.lazykde.LazyKDE.background
   sainsc.lazykde.LazyKDE.celltype_map
   sainsc.lazykde.LazyKDE.celltypes
   sainsc.lazykde.LazyKDE.cosine_similarity
   sainsc.lazykde.LazyKDE.genes
   sainsc.lazykde.LazyKDE.kernel
   sainsc.lazykde.LazyKDE.local_maxima
   sainsc.lazykde.LazyKDE.n_threads
   sainsc.lazykde.LazyKDE.resolution
   sainsc.lazykde.LazyKDE.shape
   sainsc.lazykde.LazyKDE.total_mRNA
   sainsc.lazykde.LazyKDE.total_mRNA_KDE


Methods
-------

.. autoapisummary::

   sainsc.lazykde.LazyKDE.assign_celltype
   sainsc.lazykde.LazyKDE.calculate_total_mRNA
   sainsc.lazykde.LazyKDE.calculate_total_mRNA_KDE
   sainsc.lazykde.LazyKDE.filter_background
   sainsc.lazykde.LazyKDE.find_local_maxima
   sainsc.lazykde.LazyKDE.from_dataframe
   sainsc.lazykde.LazyKDE.gaussian_kernel
   sainsc.lazykde.LazyKDE.kde
   sainsc.lazykde.LazyKDE.load_local_maxima
   sainsc.lazykde.LazyKDE.plot_KDE
   sainsc.lazykde.LazyKDE.plot_KDE_histogram
   sainsc.lazykde.LazyKDE.plot_assignment_score
   sainsc.lazykde.LazyKDE.plot_celltype_map
   sainsc.lazykde.LazyKDE.plot_cosine_similarity
   sainsc.lazykde.LazyKDE.plot_genecount
   sainsc.lazykde.LazyKDE.plot_genecount_histogram
   sainsc.lazykde.LazyKDE.plot_local_maxima